De schattige zingende eekhoortjes uit de eerste Chipmunks-film krijgen in deze vervolgfilm te maken met zingende vrouwtjeseekhoorns.

Alvin en zijn vriendjes zeggen hun leven als popsterren tijdelijk vaarwel en gaan terug naar school. Al snel nemen ze de taak op zich om het muziekprogramma van de school te redden dat in financiële nood verkeert. Door zich in te schrijven voor een heuse 'battle of the bands' hopen de eekhoorns een grote geldprijs te winnen.

Maar onverwachts komen ze drie andere zingende soortgenoten tegen: 'The Chipettes'. Het is een ijzeren wet binnen de muziekwereld. Als iets vernieuwends succesvol blijkt, zijn muzikale klonen nooit ver weg. Dus krijgen de zingende eekhoorns die een bliksemcarrière maakten in Alvin and the Chipmunks, in deze vervolgfilm concurrentie van zingende eekhoornvrouwtjes.