De merkwaardige Nanny McPhee verschijnt aan de deur van de jonge moeder Isabel Green die uit alle macht de familieboerderij draaiende probeert te houden terwijl haar man aan het front is. De kinderjuf komt tot de ontdekking dat er ook een oorlog is uitgebroken tussen Isabels luidruchtige plattelandskinderen en hun verwende neef en nicht uit de stad. Van een vliegende motorfiets tot een biggetje dat in bomen klimt, er gebeuren allerlei bijzondere dingen als Nanny McPhee met behulp van haar magische krachten de kinderen vijf nieuwe lessen weet te leren.