Prot is een psychiatrisch patiënt die zegt dat hij afkomstig is van de planeet K-PAX. In de kliniek waar Prot behandeld wordt, neemt niemand hem serieus, maar Prots psychiater Dr. Mark Powell moet erkennen dat er vreemde dingen gebeuren sinds Prot in behandeling is genomen. Hij kan de gebeurtenissen niet verklaren en begint steeds meer aan zichzelf en zijn eigen behandeling te twijfelen