Superman moet het opnemen tegen de schurk Brainiac, een androïde die door het heelal reist om verschillende planeten te verkennen en ze vervolgens gevangen te nemen door ze te verkleinen tot miniaturen. Brainiac heeft dit keer zijn zinnen gezet op planeet Aarde. Samen met behulp van zijn nichtje Supergirl moet Superman de strijd aangaan tegen deze machtige vijand. Niet alleen om de wereld te redden, maar ook om de hoofdstad van zijn thuisplaneet Krypton te redden, die al enige tijd in Brainiacs bezit is.