In 2029 zijn de X-men ontbonden en is de mutante populatie aanzienlijk gekrompen door genetisch gemodificeerde planten die mutante krachten kunnen verminderen. Logans vermogen om zichzelf te genezen neemt af en hij ontfermt zich samen met mutant Caliban over de zieke Professor X in een schuilplaats vlakbij Mexico. Hij was van plan altijd ondergedoken te blijven totdat een jonge, voortvluchtige mutant zijn pad kruist. Hij voelt zich gedwongen haar te helpen omdat hij de reden is dat zij wordt achtervolgd door sinistere figuren. Zij is namelijk gemaakt met Logan's DNA.