De terughoudende en gevoelige 16-jarige Jacob Portman ontdekt op een Welsh eiland een geheime schuilplaats. Daar zijn kinderen die bijzondere eigenschappen hebben. Ze worden in de gaten gehouden door een zekere miss Peregrine, die de monsters die het op de kinderen gemunt hebben op een afstand houdt. Jacob komt erachter dat de mensen op het eiland in een tijdlus leven.