Een laboratorium ontwikkelt een geneesmiddel waarmee mutanten weer menselijk kunnen worden. Als ze het innemen, verliezen ze hun bijzondere krachten. Vanaf dat moment behoren ze weer tot de 'normale' mensen. Magneto en zijn volgelingen zien dit als een bedreiging voor hun soort, wat hen lijnrecht plaatst tegenover de regering en de mutanten van professor Charles Xavier. Een strijd tot het bittere eind volgt, waarbij Magneto een buitengewoon krachtige bondgenoot vindt in een uit de dood herrezen mutant.