Tijdens de eerste tocht naar Atlantis hebben Milo Thatch en zijn team het rijk en zijn inwoners gevonden en gered. Nu moeten ze Atlantis verlaten als er problemen boven water zijn en ontdekken ze mystieke krachten. Het team staat in hun missie tegenover zeemonsters, geesten en legendes. Kida ontdekt de kracht van de kristallen en ze moeten besluiten of ze het Hart van Atlantis verbergen of delen.