Voor de licht autistische tiener Nathan is de wereld maar ingewikkeld. Hij vindt het moeilijk een band met andere mensen op te bouwen, zelfs met zijn liefdevolle moeder Julie, en troost zich met getallen. Na de plotselinge dood van zijn vader trekt hij zich nog meer terug in zijn eigen veilige wereldje. Maar als zijn leraar - de nogal onconventionele en anarchistische meneer Humphreys - Nathans wiskundetalent ontdekt, ontstaat er een bijzondere en ongewone vriendschap.