Ergens op de wereld is een Zeetempel gecreëerd door de Mensen van het Water. De Zeetempel bevat een verborgen schat genaamd de Zeekroon, maar niemand heeft ooit de Zeekroon gezien, of zelfs maar de Zeetempel, omdat de tempel wordt beschermd door een geheim mechanisme. De tempel drijft onopgemerkt door een uitgestrekte oceaan. Ash en Pikachu ontmoeten Lizabeth, een afstammeling van de Mensen van het Water, en leren over de legende. Ze ontmoeten ook Jackie, een Pokémon Ranger op een geheime missie om een Manaphy-ei te beschermen en vinden de Zeetempel. De piraat Phantom is van plan de Zeekroon te bemachtigen en de wereld over te nemen, maar eerst heeft hij het Manaphy-ei nodig.