Jo-Anne McArthur is dierenfotograaf maar voelt zich eerder een verslaggever in oorlogstijd. Met haar fotoproject We Animals legt de fotografe de meest erbarmelijke omstandigheden vast waarin talloze dieren verkeren. Hiermee wil zij de dieren redden uit wat ze de 'machine van de moderne wereld' noemt. Regisseur Liz Marshall volgt McArthur op haar missie. We zien Jo-Anne stiekem een vossenfokkerij betreden en volgen haar protest langs een snelweg in de VS, waar een transport met varkens langskomt op weg naar het slachthuis. Ook bezoekt ze een stel dat honden adopteert die zijn gebruikt voor de wetenschap. Ghosts in our machine brengt een moreel dilemma aan het licht dat de meesten van ons niet onder ogen willen zien.