De weggelopen twaalfjarige Jesse (Jason James Richter) wordt veroordeeld tot een taakstraf in een dolfinarium in Portland. Daar sluit hij vriendschap met de orka Willy. Hij slaagt er zelfs in het dier kunstjes te leren. 

Free Willy

Het dolfinarium in Free Willy ziet de orka graag deze kunstjes doen voor het publiek. Willy weigert echter deze ook voor het publiek te vertonen. De eigenaars zijn hier niet blij mee en hebben kwade plannen met dit beest. Jesse probeert samen met wat vrienden Willy te redden. Dit belooft een hels karwei te worden. 

Keiko

Nadat de film uitkwam publiceerde het tijdschrift Life over de leefomstandigheden van de ster-orka, Keiko (Willy). Zo was onder andere zijn tank te klein en het water te warm. Keiko leed aan een verzwakt immuunsysteem en een huidaandoening rond zijn borstvinnen. Er werden pogingen ondernomen om Keiko vrij te krijgen. Het Oregon Coast Aquarium bouwde een speciale tank en in 1996 werd de orka vanuit Mexico naar Oregon gevlogen. Keiko herstelde zich goed en verhuisde in 1998 naar een baai bij IJsland. In 2002 zwom hij naar een Noors fjord, nadat hij 22 jaar in gevangenschap had doorgebracht. Hij stierf in 2003. Keiko uit Free Willy werd uiteindelijk de op een na oudste orka die in gevangenschap leefde.