Thomas en de andere Gladers ontsnapten uit het labyrinth en worden ondergebracht naar een grote slaapzaal. Daar zien ze een aantal mensen bij hun raam, Cranks genoemd. Cranks zijn besmet met een virus, de Vuring. Dit nestelt zich in de hersenen en zorgt ervoor dat Cranks niet meer menselijk kunnen denken.

Dodelijke epidemie

Een man in een wit pak, de rattenman, vertelt Thomas dat zonnevlammen de aarde hebben getroffen en dat ze een dodelijke epidemie veroorzaakt hebben. Thomas en de anderen horen dat ze ook besmet zijn en dat ze voor een geneesmiddel naar een toevluchtsoord moeten gaan. Maar dan moeten ze door de Schroei, het gebied dat het meest beschadigd is door zonnevlammen en waar de Cranks naartoe werden gebracht die daarna compleet gek werden.

Strijdkrachten

De groep moet op zoek naar aanwijzingen over de mysterieuze en machtige organisatie WCKD, oftewel World In Catastrophe: Killzone Experiment Department, bepaald geen fijne organisatie. Samen met verzetsstrijders nemen de Gladers het op tegen de superieure strijdkrachten van WCKD en ontdekken ze wat voor schokkende plannen deze organisatie voor hen in petto heeft.