Sophie (Sophia Anne Caruso) is een wees die door haar overleden moeder is verteld dat ze voorbestemd is om de wereld te veranderen. Maar dat lijkt nogal onwaarschijnlijk omdat ze in een slaperig dorpje woont.

Agatha

Aan de andere kant van de heuvel woont Agatha (Sofia Wylie) wier moeder een mislukte heks is die al haar hoop op haar dochter heeft gevestigd. De twee meisjes zijn beste vrienden en beloven elkaar eeuwig trouw te blijven.

Charlize Theron

Wanneer ze horen van het bestaan van The School for Good and Evil, willen de meisjes niets liever dan daar naartoe. Dat lukt wanneer ze door een skelet-vogel worden meegenomen. Maar de vogel dropt ze bij -volgens de meisjes- verkeerde school. Blonde Sophie, die het liefst Assepoester wil worden, landt bij de 'Nevers', onder leiding van de gemene Lady Lesso (Charlize Theron). 

Agatha, die bij de heksen wil horen, belandt juist midden tussen de 'Evers', prinsessen onder leiding van de zoete professor Dovey (Kerry Washington).