Jane Tennant is de eerste vrouwelijke Special Agent die de leiding heeft over NCIS Pearl Harbor, dat opereert op de Hawaïaanse eilanden. Tennant en haar team zullen een evenwicht moeten vinden tussen de plichten jegens hun families en hun land. Ze doen onderzoek naar misdaden met een hoge inzet, waarbij militair personeel, de nationale veiligheid en de mysteries van het eiland zelf betrokken zijn.