Rond de eeuwwisseling keerden de engelen terug naar de aarde, in een poging de mensheid uit te roeien in een apocalyptische woede. Verwoest trokken de laatste overblijfselen van de mensheid ondergronds om te wachten op de dag dat de engelen terug zouden komen om de klus te klaren. Vijftien jaar later is die dag aangebroken, maar deze keer is de mensheid klaar om terug te vechten met biomechanische wapens die bekend staan als de Evangelions.