Lilo, Stitch, Jumba en Pliekie worden rond het heelal geplaatst in een plek waar ze thuishoren. Alles gaat mis als Dr. Hamsterviel uit de gevangenis ontsnapt en Jumba dwingt Leroy te maken, de slechte tweelingbroer van Stitch. Hij kloont het schepsel voor zijn eigen leger. Lilo, Stitch en de anderen moeten strijden tegen het legioen van Leroys. Dan ontdekken ze dat ze bij elkaar pas echt thuis zijn.