Ash en zijn vrienden komen een lichtgeraakte en bijdehante Pokémon tegen met de naam Shaymin. Hij wil graag terug naar zijn vrienden, maar wordt daarin gestuit door een enorm gevecht tussen Giratina en Dialga. Giratina is de verdediger van de Omgekeerde Wereld, en houdt niet van indringers. Als je dan ook nog 's te maken hebt met een behulpzame wetenschapper, een gevaarlijke slechterik die de baas wil worden van Giratina en een plan om heerser van de wereld te worden, heb je het grootste Pokémon avontuur ooit.