Wanneer Ash en zijn vrienden reizen naar Crown City voor de wereldbeker Pokemon Baccer ontdekken ze dat er vreemde dingen gebeuren in Crown City. Het lijken wel geheimzinnige krachten. Als de drie legendarische Pokemon Raikou, Entei en Suicune plotseling verschijnen in Crown City en de hele stad op zijn kop zetten, proberen Ash en zijn vrienden samen met Zorua, het geheim ontrafelen achter de gedrag van Raikou, Entei en Suicune.