In Japan vindt in het jaar 2035 een ongeluk plaats dat bekend staat als de "Burst" tijdens een onderzoeksproject, waarbij een uit de hand gelopen kunstmatige levensvorm genaamd "Matter" wordt voortgebracht die zich door de Kurobe-kloof heeft verspreid. De onderzoeksstad die ooit werd geprezen als de hoop voor de mensheid, wordt door de overheid afgezet. Twee jaar later leert de 15-jarige Aiko Tachibana, die haar familie verloor in de Burst, iets ongelooflijks van Yuya Kanzaki, een nieuwe leerling op haar school. Er is een geheim verborgen in haar lichaam en het antwoord op de puzzel ligt op het punt dat het middelpunt van de Burst was. Aiko besluit het gebied te infiltreren, begeleid door een team van duikers en met Yuya als haar gids.