Scooby-Doo, Shaggy, Velma, Daphne en Fred komen opnieuw samen om het meest angstige mysterie uit hun carrière op te lossen. Het team zet koers naar een moerassig spookeiland om een onderzoek in te stellen naar de geest van Moonscar de Piraat. Maar al gauw blijkt dat de geest van deze avonturier niet de enige engerd op het eiland is. De detectives maken eveneens kennis met katachtige wezens en zombies en het lijkt erop dat ze voor het eerst in hun leven worden geconfronteerd met echte demonen.