Het is 200 jaar geleden sinds Ellen Ripley zichzelf heeft omgebracht op Fiorina 161 om te vermijden dat het buitenaards wezen, dat zich in haar lichaam bevond, de planeet Aarde zou bereiken. Haar vorige werknemers hebben de Weyland-Yutani Compagnie ontbonden en nu heeft de USM de taak overgenomen om dodelijke buitenaardse wezens te kweken. Uit Ellens DNA is een kloon gemaakt. De nieuwe Ellen Ripley wordt nauwlettend in het oog gehouden door de wetenschappers, die haar 'Nummer 8' noemen. Ze hebben de Queen Alien uit haar lichaam verwijderd en gebruiken het om hun experimenten verder te zetten. De Ripley-kloon ervaart emoties net als de mensheid, maar toch vermoedt ze dat een deel van de Queen in haar gestel in blijven zitten. Wanneer de snelgroeiende afstammelingen van de Queen Alien de controle in handen krijgen van het ruimteschip waarin ze zich bevinden, beseft Ripley dat de tijd rijp is om het ruimteschip te vernietigen. Ze krijgt hierbij de hulp van een aantal ruimtepiraten.