De helden van het elitekorps G.I. Joe worden er tijdens een missie in Pakistan ingeluisd door toedoen van hun aartsvijand Cobra. Een groot deel van het team komt daarbij om en de overlevenden worden beschuldigd van landverraad. Ondertussen heeft Cobralid Zartan, vermomd als de president van de Verenigde Staten, een geavanceerd massavernietigingswapen op strategische locaties over de hele wereld gericht. Zijn eis is dat de grote wereldleiders zich aan Cobra zullen onderwerpen, anders worden hun belangrijkste steden vernietigd. Roadblock en de rest van de overgebleven Joe's liggen hevig onder vuur, maar slaan desondanks keihard terug om de wereld uit de wurggreep van Cobra te bevrijden.