Will Hunting werkt als schoonmaker in een school in Boston en brengt de rest van zijn dagen voornamelijk door met vechten en het omzeilen van de wet. Op een dag blijkt echter dat Will een uitzonderlijk talent heeft voor wiskunde. Een leraar wil koste wat het kost dit talent uitbouwen, maar merkt al vlug dat Will behoorlijk overhoop ligt met zichzelf en z'n omgeving. De enigen die hem kunnen helpen zijn Sean McGuire, een psycholoog die bewondering heeft voor het jonge genie en hem probeert te begrijpen en Skylar, een studente geneeskunde die verliefd is op Will. Zullen zij erin slagen om Will uit z'n isolement te halen?