Na een onverwachte aanval op MI5 wordt Johnny English, de zelfverzekerdste, maar tevens onintelligente en klungelige spion van Groot-Brittannië, ineens ook de enige spion van het Verenigd Koninkrijk. Als de Britse kroonjuwelen worden gestolen, is de crisis compleet. Johnny English krijgt de opdracht om de schat terug te vinden. Hoofdverdachte is de Franse crimineel Pascal Sauvage, die de koningin van de troon wil stoten. Samen met zijn sidekick Bough stort Johnny English zich op zijn taak en kent gevaar noch vrees. In feite kent hij helemaal niets. De kluns wordt bovendien smoorverliefd op dubbelagente Lorna Campbell, wat het redden van de natie nog spannender maakt.