Leeuw Alex, nijlpaard Gloria, giraffe Melman en zebra Marty hebben heimwee naar de New Yorkse dierentuin en proberen daarom per vliegtuig het eiland Madagaskar te verlaten. Helaas vliegt het viertal met Air Pinguin, niet de meest betrouwbare maatschappij. Daarom belanden ze na een crash midden in de wildernis van Afrika. Het viertal komt voor het eerst oog in oog te staan met hun wilde soortgenoten en zo ontdekken ze bijzondere dingen over hun roots. Terwijl de dieren het liefst zo snel mogelijk in New York zouden willen zijn, is het nog maar de vraag of ze ooit hun weg terug naar huis zullen vinden.