Agenten Jay en Kay werken voor de ultrageheime overheidsinstelling Men In Black. Gekleed in zwarte pakken met bijpassende zonnebrillen beschermen ze de wereld tegen buitenaardse wezens. De ervaren agent Kay staat op het punt om met pensioen te gaan en neemt de training van de jonge agent Jay op zich. Jay leert de kneepjes van het vak en er opent letterlijk en figuurlijk een geheel nieuwe wereld voor hem. De dreiging van een buitenaardse terrorist zorgt ervoor dat het duo alles uit de kast moet halen om de aarde te behoeden voor totale vernietiging.