Ethan Hunt is geheim agent en maakt deel uit van een spionageteam. Het team heeft de opdracht om een computer diskette met daarop de identiteit van Amerikaanse spionnen uit handen van de vijand te houden. Er gaat echter iets vreselijk mis waardoor bijna alle teamleden omkomen. Ethan heeft de missie overleefd. Hij wordt verantwoordelijk gehouden voor de dood van zijn teamleden en als verrader bestempeld. Ethan begint aan een gewaagd plan om zijn naam te zuiveren en erachter te komen wie hem in de val heeft gelokt.