De tovernanny weet te verschijnen wanneer ze het meest nodig is, maar het minst gewenst is. Ditmaal verschijnt Nanny McPhee aan de deur van de gekwelde, jonge moeder Isabel Green die probeert de familieboerderij draaiende te houden terwijl haar man oorlog voert. Nanny McPhee komt tot de ontdekking dat de oorlog ook is uitgebroken tussen de luidruchtige plattelandskinderen van mevrouw Green en hun verwende neefjes uit de stad. Plotseling gebeuren er wel hele bijzondere dingen: van een vliegende motorfiets en een biggetje dat in bomen klimt tot een plotseling tot leven komend standbeeld en een baby olifantje dat op de vreemdste plekken opduikt. Met behulp van haar magische krachten weet Nanny McPhee de kinderen vijf nieuwe lessen te leren.