Na haar strijd tegen de Umbrella Corporation leidt Alice een alledaags leven met haar man en dochter. Dat geluk is echter van korte duur als blijkt dat het allemaal een illusie is; ze bevindt zich namelijk in een onderwaterbasis van de Umbrella Corporation. Alice wordt daar gevangen genomen, maar weet dankzij hulp uit onverwachte hoek te ontsnappen. Ze komt tot de schokkende ontdekking dat de Umbrella Corporation het dodelijke T-virus heeft verspreid waardoor mensen in vleesetende zombies veranderen. Samen met nieuwe bondgenoten vecht Alice voor het behoud van de mensheid en leert gaandeweg steeds meer over haar eigen, mysterieuze verleden.