Gestrand in een verwoeste stad ontdekt de groep dat het wemelt van vliegende schotels en buitenaardse wezens. Maar al snel gebeurt er iets nog vreemders met Scooby en Shaggy. Beiden worden hevig verliefd. Het mysterie leidt naar een onderzoeksbasis en een uitgebreid netwerk van grotten verborgen onder de stad. Onze helden, die verblind zijn door liefde, krijgen een moeilijk mysterie dat ze samen met de rest van het peloton moeten oplossen.