Na hun huwelijksreis ontvangen Shrek en Fiona de uitnodiging van Fiona's ouders om een bezoek te brengen aan het koninkrijk Far Far Away. Ze willen namelijk dolgraag de kersverse echtgenoot van hun dochter ontmoeten. Ze weten natuurlijk nog niet dat Shrek eigenlijk een reusachtige, groene Ogre is en hun dochter ook flinke fysieke veranderingen heeft ondergaan. Tijdens hun bizarre reis krijgen Shrek, Fiona en hun trouwe metgezel Donkey te maken met een toverdrank brouwende Fairy Godmother, de ijdele Prince Charming en de alom gevreesde katachtige Ogre-doder Puss In Boots.