Koning Harald van het koninkrijk Far Far Away blijkt ernstig ziek te zijn. Zijn schoonzoon, de grote, groene Ogre Shrek, is hierdoor de beoogde nieuwe koning. Shrek voelt hier echter weinig voor, want dan moet hij het prachtige moerasgebied opgeven waar hij zo graag woont. Samen met zijn vrienden Donkey en Puss in Boots gaat de groene reus op zoek naar een potentiële troonopvolger in de persoon van Artie, een neef van de koning. Terwijl Shrek van huis is, probeert zijn geliefde prinses Fiona het koninkrijk te verdedigen tegen een staatsgreep van prins Charming.