New York is in duisternis gehuld doordat superschurk Shredder en zijn Foot Clan de stad in een wurggreep houden. De toekomst ziet er heel somber uit, totdat een bijzonder viertal uit het riool verrijst: De Teenage Mutant Ninja Turtles. De mensachtige schildpadden Raphael, Michelangelo, Donatello en Leonardo kunnen behalve praten ook rechtop lopen en zijn stapelgek op pizza. Deze experts in de ninjitsu-vechtkunst gaan samen met de onverschrokken journaliste April en haar cameraman Vern de strijd aan met Shredder en zijn volgers.