Het zuiden van Boston. De staatspolitie voert oorlog tegen de georganiseerde misdaad. De jonge agent Billy Costigan infiltreert in het maffiamilieu waar Costello, de koning van de onderwereld, de touwtjes stevig in handen heeft. Terwijl Billy er vlot in slaagt Costello's vertrouwen te winnen, bouwt de crimineel Colin Sullivan een machtspositie op binnen de speciale onderzoekseenheid, waar hij zich als informant heeft binnengewerkt. Beide mannen worden volledig opgeslorpt door het dubbelleven dat ze leiden. Wanneer zowel de gangsters als de politie beseffen dat ze een mol in hun midden hebben, komen Costigan én Sullivan zwaar onder druk te staan. Er volgt een race tegen de klok om als eerste de identiteit van de andere te achterhalen en zelf buiten schot te blijven.