Een gerespecteerde veteraan uit de Burgeroorlog, Captain Nathan Algren, arriveert in Japan in 1870, om de soldaten van Keizer Meji te trainen voor een gevecht om de laatste samurai uit te roeien. De samurai willen op hun beurt het land heroveren. Captain Algren geeft opleidingen met moderne, Westerse wapens aan de troepen van de Keizer. Als Algren wordt ontvoerd door de samurai, komt hij in nauw contact met hun cultuur. Dit doet hem inzien waarom ze hun leven wagen voor hun land. Zijn respect voor de Samurai groeit en hij ontgroeit steeds meer de Westerse waarden. Uiteindelijk moet hij kiezen tussen twee werelden en voor wie hij nou eigenlijk wil vechten.