De laatste menselijke stad Zion is ontdekt door de machines die de mensheid in hun macht hebben. Morpheus is er echter van overtuigd dat Neo in staat is de 'Matrix' te vernietigen. Hun hoop is gevestigd op de 'Keymaker', die toegang heeft tot alle 'achterdeuren' binnen de schijnwereld, ook van de deur die naar het mainframe leidt. Deze man wordt echter gevangen gehouden door de eigenzinnige Merovingian die bijgestaan wordt door de Twins, een duo dat zich dwars door alle code kan verplaatsen. Ondertussen zint een herboren agent Smith op wraak, vastbesloten Neo uit te schakelen.