Ondanks alle inspanningen om een oorlog te vermijden, zijn Caesar en zijn apen alsnog in een onvermijdelijke strijd geraakt met de mensen geleid door een meedogenloze kolonel. Nadat de apen onvoorstelbare verliezen lijden, worstelt Caesar met zijn duistere instincten en begint hij aan zijn eigen zoektocht om zijn soort te wreken. Ondertussen wordt hij geplaagd door herinneringen aan zijn voormalige vriend en verrader Koba. Als de reis hem eindelijk oog in oog brengt met de kolonel, strijden ze tegen elkaar in een strijd die het lot van zowel hun soort als de toekomst van de planeet zal bepalen.