Charles Xaviers mutanten, mensen met bovennatuurlijke krachten, nemen het op tegen generaal Stryker, een man die ten koste van alles de mutanten op aarde wil uitroeien. Als een mutant de president van de Verenigde Staten probeert te vermoorden, grijpt Stryker zijn kans en krijgt hij van de regering een vrijbrief om Xaviers school voor jonge mensen met bovennatuurlijke krachten te overvallen. Xavier en zijn team zetten alles op alles om deze dreiging het hoofd te bieden.