Shauns trouwe vriendin Claire is terug in San Diego om zich te laten behandelen voor borstkanker. In de twee allerlaatste afleveringen van de medische dramaserie The Good Doctor doorloopt ze een zwaar en emotioneel medisch traject.

Dokter Jordan heeft in The Good Doctor met spoed een nier nodig. Een perfecte donor dient zich aan, maar de man noemt zich Emmanuel en zegt dat hij Jezus is. Na enige aarzeling besluiten Jordan en Shaun zijn aanbod te accepteren.

Het laatste seizoen van The Good Doctor gaat van start met veel verandering voor de dokter met autisme Shaun Murphy. Hij probeert samen met Lea te wennen aan het ouderschap, maar moet al snel weer terug aan het werk in het ziekenhuis.