Soldaten Duke en Ripcord, gestationeerd in Kazachstan, hebben de opdracht speciale kernkoppen te vervoeren. Wanneer ze tijdens het transport worden aangevallen door leden van een terroristische organisatie, worden de twee soldaten gered en wordt tevens de diefstal voorkomen door het geheime elitekorps G.I. Joe. De leider van dit korps, generaal Abernathy, verdenkt organisatie Cobra ervan deze aanslag te hebben gepleegd. Niet veel later slagen Cobra-leden erin de verborgen basis van G.I. Joe in Noord-Afrika te achterhalen, waarna ze alsnog de kernkoppen weten te stelen en een deel van de elitetroepen uitschakelen. Duke en Ripcord zetten samen met de overgebleven Joe's de achtervolging in om te voorkomen dat Cobra de wapens in kan zetten voor hun allesvernietigende plannen.