Voormalig CIA-agent Jason Bourne (Matt Damon) heeft zijn oude leven vaarwel gezegd en verblijft met zijn vriendin Marie (Franka Potente) in India. Hier probeert hij te herstellen en zijn geheugen terug te krijgen.

The Bourne Supremacy

Heel lang kan Bourne in The Bourne Supremacy niet van zijn rust genieten: zijn vijanden weten hem zelfs op zijn afgelegen Indiase strandje te vinden. Huurmoordenaar Kirill (Karl Urban) heeft het op Jason en Marie gemunt. Na een wilde achtervolging weet Jason aan Kirill te ontkomen. Marie niet: Kirill schiet haar dood.

De dood van zijn geliefde is voor Jason Bourne het teken dat hij weer aan het werk moet. De mensen die Maries dood op hun geweten hebben moeten daarvoor boeten.

Paul Greengrass

Bij The Bourne Identity zat Doug Liman op de regisseursstoel. Voor The Bourne Supremacy nam Paul Greengrass zijn plek over. Producent Frank Marshall koos voor Greengrass omdat hij een regisseur wilde die niet gewend was om actiefilms te maken. Zijn idee was dat Greengrass door zijn onervarenheid met het genre originelere oplossingen zou verzinnen dan doorgewinterde actieregisseurs.