Na de bomaanslag aan het eind van het vorige seizoen likken de agenten hun wonden in de misdaadserie FBI. Leidinggevende Isobel Castille (Alana De La Garza) raakte zwaargewond en verkeert in kritieke toestand. Een enigszins aangeslagen Jubal Valentine (Jeremy Sisto) neemt haar taken waar en heeft in deze eerste aflevering meteen een uiterst gevoelige zaak op zijn bord.

FBI

Een Amerikaanse rechter is op een afgelegen eiland op zoek naar zijn zoon, die spoorloos verdwenen is. Omdat er ook van de rechter niets meer wordt vernomen, zijn agenten Maggie Belle en OA Zidan naar het eiland afgereisd om poolshoogte te nemen. Ze merken dat het er gonst van de gewapende milities, die het eiland in hun greep lijken te hebben. Maggie vraagt Jubal versterking te sturen.