De catastrofe waarin de eerste aflevering van Killing Eve eindigde, kostte de MI5-agente de kop. Haar collega’s Elena en Bill werden meegesleept in Eves val. Het hoofd van de Ruslandafdeling van MI6 recruteert Eve voor een geheime cel. In een afgelegen pand gaat Eve aan het werk om de huurmoordenares Villanelle op te sporen. Ze neemt haar twee oud-collega’s in dienst; een jonge computernerd hoorde al bij de armoedige kamer die hun kantoor wordt. Intussen krijgt Villanelle op haar kop van haar ‘handler’ Konstantin. Hij neemt haar volgende moordopdracht terug en stuurt haar naar een psycholoog. Dit leidt tot een merkwaardige scène waarin voor de oplettende kijker heel wat aanwijzingen te ontdekken zijn over waarom Villanelle is wie ze is.