In seizoen 2 worden Gus (Christian Convery) en een heel stel ander hybride kinderen gevangen gehouden door generaal Abbot (Neil Sandilands) en de Last Men. Abbot gebruikt de kinderen zodat Dr. Singh een geneesmiddel voor het virus kan vinden dat een groot deel van de mensheid heeft uitgeroeid. Om zijn vrienden te beschermen stemt onze held Gus toe om Dr. Singh te helpen.  

Intussen smeden Tommy Jepperd (Nonso Anozie) en Aimee Eden (Dania Ramirez) een plan om de hybriden te bevrijden en komen de geheimen van Jepperd aan het licht.