Het lichaam van een analyticus die werkte voor de geheime dienst NSA wordt gevonden in NCIS: Los Angeles. Van zijn partner ontbreekt ieder spoor en dat terwijl die op dat moment in de buurt moest zijn. Dit leidt tot veel vragen van het team. Agenten Sam Hanna (LL Cool J) en Callen (Chris O'Donnell) gaan op pad om de verdwenen collega van het slachtoffer te vinden. Als ze hem vinden, vertelt deze man doodsbang te zijn. Hij was samen met een aantal collega's een grote fraudezaak op het spoor waarbij islamitische terreurorganisatie IS geld doorsluist via Mexico naar Los Angeles. Maar nu lopen hij en zijn collega's dus gevaar. Een van hen zit ondergedoken in een psychiatrische inrichting. Callen gaat undercover om in contact met hem te komen.