Hoewel er steeds meer duidelijk wordt over de verdwijning van vlucht 828, zijn Ben (Josh Dallas) en Michaela (Melissa Roxburgh) nog steeds op zoek naar antwoorden in Manifest. Michaela probeert erachter te komen wat het verband is tussen haar en de mysterieuze nieuwkomer Zeke (Matt Long). Ze voelt een diepe connectie met hem en wil weten waarom dat zo is. Ben en de andere passagiers lijken dichter bij de waarheid te komen door de onthulling uit de vorige aflevering: er blijken meer verdwijningen te hebben plaatsgevonden. Maar Ben wordt belemmmerd in zijn onderzoek door de aanwezigheid van de autoriteiten in New York. Bovendien krijgt hij opnieuw te maken met een afschrikwekkende dreiging. Ook Saanvi, die data aan het onderzoeken is, krijgt daarmee te maken.