Thomas Beckett is een van de beste sluipschutters van het Amerikaanse leger. Hij heeft een schat aan ervaring en krijgt de taak om in de Panamese jungle rebellen op te sporen en uit te schakelen. Beckett heeft echter een groot litteken: bij een van zijn vorige missies, heeft Beckett een groot deel van zijn mannen verloren.

Tom Berenger

Bij zijn volgende missie krijgt Beckett (Tom Berenger) hulp van sluipschutter Richard Miller (Billy Zane). Het botert al gelijk vanaf het begin niet zo tussen die twee. Miller is dan wel een Olympisch schietkampioen, hij heeft geen gevechtservaring. 

Ondanks hun meningsverschillen moeten ze samen een cruciale missie uitvoeren: ze hebben opdracht de Panamese rebel, generaal Miguel Alvarez uit te schakelen. Dat wordt een hele klus. Alvarez kan namelijk rekenen op steun van de Colombiaanse drugsbaron Raoul Ochoa.

Sniper

Sniper is gedeeltelijk gebaseerd op het verhaal van Carlos Hathcock, sluipschutter van het Amerikaanse Korps Mariniers. Hij schakelde een Vietcongsluipschutter uit die hem achtervolgde. Dat is op zich niet heel bijzonder, maar de manier waarop hij dat deed is dat wel: Hatchcock schoot zijn kogel dwars door het vizier van zijn rivaal heen. Die belandde via het oog rechtstreeks in het brein. 

Veel mensen dachten dat dit een broodjeaapverhaal was. Na onderzoek bevestigde het Amerikaanse leger dat Hatchcocks verhaal klopte.