In NCIS: Hawaii draait het om Jane Tennant (Vanessa Lachey), de eerste vrouwelijke Special Agent die de leiding heeft over NCIS Pearl Harbor, dat opereert op de Hawaïaanse eilanden. Tennant en haar team zullen een evenwicht moeten vinden tussen de plichten jegens hun familie en hun land.

NCIS: Hawaii

Ze doen namelijk onderzoek naar misdaden met een hoge inzet, waarbij militair personeel, de nationale veiligheid en de mysterieus van het eiland zelf betrokken zijn. En dat is in deze eerste aflevering niet anders. In de pilot stort een marinevliegtuig neer op Oahu. Jane Tennant en haar team moeten uitzoeken wie erachter zit voordat er staatsgeheimen worden onthuld.